L'Acadèmia és regida per la Junta Directiva (també anomenada Comissió General Directiva) que està formada pel President, el Vicepresident, el Secretari General, el Vicesecretari General, el Tresorer, el Comptador, els Directors de les Seccions i el Director de l'Observatori Fabra.
Junta Directiva
President: Excm. Sr. Jordi ISERN i VILABOY
Vicepresident: Excm. Sr. Xavier BELLÉS i ROS
Secretari General:xcm. Sr. Enric CANADELL i CASANOVA
Vicesecretari General:Excm. Sr. Javier MARTÍN-VIDE
Tresorera: Excma. Sra. Montserrat TORNÉ i ESCASANY
Comptadora: Excma. Sra. Martine BOSMAN
Conservador: Excm. Sr. Gerard GÓMEZ i MUNTANÉ
Bibliotecari: Excm. Sr. Vicenç NAVARRO i AZNAR
Directors de secció
Secció 1a. Matemàtiques i Astronomia: Excma. Sra. Marta SANZ-SOLÉ
Secció 2a. Física: Excm. Sr. Xavier OBRADORS i BERENGUER
Secció 3a. Química: Excm. Sr. Ernest GIRALT i LLEDÓ
Secció 4a. Ciències de la Terra: Excm. Sr. Miquel CANALS i ARTIGAS
Secció 5a. Biologia: Excm. Sr. Jaume BERTRANPETIT i BUSQUETS
Secció 6a. Tecnologia: Excm. Sr. Miguel Ángel LAGUNAS HERNÁNDEZ
Secció 7a. Arts: Excm. Sr. Artur RAMON NAVARRO
Director de l'Observatori Fabra:
Excm. Sr. Jorge NÚÑEZ de MURGA