La Academia esta regida por la Junta Directiva (también llamada Comisión General Directiva) que está formada por el Presidente, el Vicepresidente, el Secretario General, el Vicesecratario General, el Tesorero, el Contador, los Directores de las Secciones y el Director del Observatori Fabra.
Junta Directiva
Presidente: Excmo. Sr. Jordi ISERN i VILABOY
Vicepresidente: Excmo. Sr. Xavier BELLÉS i ROS
Secretario General: Excmo. Sr. Enric CANADELL i CASANOVA
Vicesecretario General: Javier MARTÍN-VIDE
Tesorera: Excma. Sra. Montserrat TORNÉ i ESCASANY
Contadora: Excma. Sra. Martine BOSMAN
Conservador: Excmo. Sr. Gerard GÓMEZ i MUNTANÉ
Bibliotecario: Excmo. Sr. Vicenç NAVARRO i AZNAR
Directores de sección
Sección de Matemáticas y Astronomía: Excma. Sra. Marta SANZ-SOLÉ
Sección de Física: Excmo. Sr. Xavier OBRADORS i BERENGUER
Sección de Química: Excmo. Sr. Ernest GIRALT i LLEDÓ
Sección de Ciencias de la Tierra: Excmo. Sr. Miquel CANALS i ARTIGAS
Sección de Biología: Excmo. Sr.Jaume BERTRANPETIT i BUSQUETS
Sección de Tecnología: Excmo. Sr. Miguel Ángel LAGUNAS HERNÁNDEZ
Sección de Artes: Excmo. Sr. Artur RAMON NAVARRO
Director del Observatorio Fabra
Excmo. Sr. Jorge NÚÑEZ de MURGA