Des de juliol del 1936 fins a l’abril del 1939, per causa de la Guerra Civil, l’Acadèmia no desenvolupà les activitats que li són pròpies; durant aquest període, l’acadèmic Dr. Eduard Fontserè vetllà per la seguretat de la Corporació i seguí tenint cura del servei horari. Per decret de 12 d’agost de 1936 fou incorporada a les institucions de Cultura de la Generalitat de Catalunya; pel mateix decret fou nomenta comissari el senyor Jaime Aguadé i Miró, qui designà president acccidental el senyor Joaquín Bassegoda i Amigó; aquest romangué en el càrrec fins al seu decés el 13 d’agost de 1938. Fou substituït pel senyor Manuel Álvarez-Castrillón i de Bustelo. El 4 d’abril de 1939 començà a exercir la presidència el Dr. Eduardo Alcobé i Arenas.